Решение о применении крайней меры воздействия — отзыве лицензии на осуществление банковских операций — принято Банком России в связи с неисполнением кредитной организацией федеральных законов, регулирующих банковскую деятельность, а также нормативных актов Банка России, неоднократным нарушением в течение одного года требований, предусмотренных статьей 7 (за исключением пункта 3 статьи 7) Федерального закона «О противодействии легализации (отмыванию) доходов, полученных преступным путем, и финансированию терроризма», учитывая неоднократное в течение одного года применение мер, предусмотренных Федеральным законом «О Центральном банке Российской Федерации (Банке России)».
Банк «Навигатор» (ОАО) проводил высокорискованную кредитную политику, связанную с размещением денежных средств в низкокачественные активы. В результате формирования резервов, адекватных принятым рискам, в деятельности банка возникли основания для осуществления мер по предупреждению несостоятельности (банкротства). При этом банк не обеспечивал своевременное исполнение обязательств перед кредиторами и вкладчиками. Кроме того, Банк «Навигатор» (ОАО) не соблюдал требования законодательства в области противодействия легализации (отмыванию) доходов, полученных преступным путем, и финансированию терроризма в части своевременного направления в уполномоченный орган сведений по операциям, подлежащим обязательному контролю. Руководством и собственниками банка не приняты меры по его финансовому оздоровлению.