Решение о применении крайней меры воздействия — отзыве лицензии на осуществление банковских операций — принято Банком России в связи с неисполнением КБ «Природа» (ООО) федеральных законов, регулирующих банковскую деятельность, а также нормативных актов Банка России, учитывая неоднократное применение в течение одного года мер, предусмотренных Федеральным законом «О Центральном банке Российской Федерации (Банке России)».
КБ «Природа» (ООО) не создавал адекватных принятым рискам резервов на возможные потери по ссудам, а также нарушал порядок ведения бухгалтерского учета и составления отчетности, представляемой в Банк России. При этом кредитная организация была вовлечена в проведение сомнительных операций. В течение 2013 года объем средств, перечисленных нерезидентам по фиктивным документам, превысил 20 млрд. рублей. Правила внутреннего контроля в области противодействия легализации (отмыванию) доходов, полученных преступным путем, и финансированию терроризма КБ «Природа» (ООО) не соответствовали требованиям Банка России. Руководители и собственники кредитной организации не предприняли необходимых мер, направленных на нормализацию ее деятельности.